Asperger España se rige por el sistema de autogobierno y el principio de representación, a través de los siguientes órganos:
- De Gobierno: la Asamblea General y Junta Directiva.
- De Gestión: el Departamento Técnico de la Confederación.
La Asamblea General es el máximo órgano de gobierno. Se reúne, al menos, una vez al año y sus funciones son:
- Determinar las directrices de la confederación.
- Aprobar las cuentas anuales, presupuestos y planes de actuación.
- Elegir a entidades que formarán parte de la Junta Directiva.
La Junta Directiva está compuesta por siete representantes de asociaciones elegidas por la Asamblea y se renueva parcialmente cada dos años. Sus cargos son voluntarios. Las principales funciones son:
- Elaborar los Planes Estratégicos y de Acción que serán sometidos a Asamblea.
- La gestión cotidiana de la entidad.
- Adoptar las decisiones precisas para el cumplimiento de los fines de la Confederación.
- Elaboración de su Código Ético.
Actualmente, componen la Junta Directiva:
Presidenta: María Paloma Martínez Ruiz (Asociación Asperger Madrid)
Vicepresidente: Rafael Jorreto Lloves (Federación Andaluza de Síndrome de Asperger)
Secretario: Juan Francisco Martínez Azorín (Asociación Asperger de Murcia)
Tesorero: Israel Dionisio Martínez Betancort (Asociación Asperger de las Islas Canarias)
Vocal: Silvia Iso Linde (Asociación Asperger Navarra-Luciérnaga)
Vocal: Fabiana Ginobili (Asociación Asperger Asturias)
Vocal: Jorge Alberto Garrigues Esteve (Asociación Asperger Valencia)
